ウェブサイト構築のヒント集 ＞ 「広告は右側に配置なさい」
ウェブのレイアウトを考える際、基本的には「700*600」の解像度に対応していれば良いのでしょう。 この値は旧式のノートパソコンが「800*600」であるトコロから発生しています。 これ以上、小さい画面で表示させるコトは面倒ならば考慮せずとも構わないと思います。 例えば ”Yahoo! JAPAN” の場合、横幅を675pxに設定しています。
また、文字のサイズは（IE風に言うところの）「中」を基準にしているケースが多いようです。
問題となるのは「縦幅」ではなく「横幅」です。 縦スクロールに関しては広く一般的に許容されていますが、横スクロールは毛嫌いされます （正確に言うなら、横スクロールを頻繁に繰り返さないと読めない状況が極悪）。
もう少し突っ込んで考えてみると、 （横スクロールバーが登場したときに）まず犠牲になるのは「右側」です。 一方「左端」に関しては、最後まで生き残る部分だと言えます。
もし、左右を複数に分割するようなレイアウトを行うのならば（そして横幅を固定するのなら）、 左側に重要な情報を配置するようにすべきでしょう。
例えば上記のデザインでは、左右を三分割して段組を作っています。 余白に画像が載っており、閲覧者がサイト内容をイメージしやすい様に工夫されています。 ただし、イメージが左側に配置されているコトに関してはいただけません。
上の例でいくと画面の幅を縮めていった際に、まず犠牲になるのは右側の説明付きリンク集です。 さらに縮めていくと中央に位置するメイン情報が潰れてしまい、イメージ画像だけが見えるようになります。 主従関係はどう考えても、本文が”主”でイメージが”従”であるのに、 横幅の狭い極限状態ではイメージ画像だけが生き残ります。 ちょっと、本末転倒の下克上ではなかろうか？ ...と。
画面の横幅を400pxとかまでに縮める行為は稀なケースでしょうし、 いちいちそこまで考慮する必要はないでしょう。 ただし、掲載情報（テキスト、リンク、題字、画像、背景など）に優劣を付けて、 ビジターの画面が小さいときに「どこから潰していくか」を考えるのは無駄なコトではありません。
アフィリエイトは”提携”なので、広告と呼んでいいかは微妙な感もしますが、 少なくとも（サイト管理人の思惑とは無関係な）サイト訪問者は広告だと意識するものでしょう。 さて、この広告をどこに配置するのかという問題です。 優先順位としては下位に位置づけるのが、筋ではないでしょうか？
と、いうワケで広告を右側に配置する構成をお勧めします。 考え方としては、ビジターが広い画面で閲覧している際には全ての情報を展開して、広い画面を有効活用。 ビジターが狭い画面で閲覧している際にはオマケ的な情報を削るコトによって、必要最低限を提供する。 このような具合でどうでしょうか？
ただし普通にあり得るだろうウィンドウ・サイズ（横幅 650pxなど）で、広告スペースが大きく潰れてしまうと、 アフィリエイトの提携元が嫌がるかもしれません。 レイアウトの都合で生じる余白サイズに合わせて、適切な広告スペースを確保すべきでしょう。 大きすぎると、結局は難しいコトになります。