WIN版になって何が変更されたかを大まかに書いてみました。
意味はあまりなさそうですが。
・起動させるのがかなり楽になった
DOS版とWIN版の最大の変更点だと思います。
動作環境が過酷なDOS版で動かなかった人や、音が出なかった人、
初めての人も気軽に楽しめます。
・ウィンドウモードでプレイできるようになった
これも大きいと思います。プレイ中にreadmeやコマンドを見れるのが強みです。
また、キャプチャーツールを使えばムービーの撮影も出来ます。
・ジョイパッドを認識するようになった
今まではジョイパッドを使うにはJoyToKeyが必要でしたが、
WIN版ではUSB接続のパッドを認識してくれるおかげで
設定がかなり楽になっています。
・サバイバルモードが追加された
楽しいです。最近はこればかりやっています。
ハイスコアをスクリーンショットで撮って競い合うのも
面白いかもしれません。
・画面暗転時（superpause、pause中）のボタン入力が認識されなくなった
個人的には嬉しい変更です。
DOS版ではやたらと技が暴発して相手の超必殺を
食らうことがしょっちゅうありましたが（自分だけ?）、
それが無くなっただけでもストレスなくプレイできます。
・ガード時の硬直時間が長くなった
WIN版の硬直時間は、DOS版よりもだいぶ長くなっているようです。
というか、DOS版が短すぎたようで、WIN版で設定したとおりの硬直時間になるように直ったようです。
硬直時間の違いについてはここに載せてあります。
・全部で256色以上使えるようになった
製作関連の変更ですが、DOS版では全部の画像を256色以内にする必要がありましたが、
WIN版ではパレットを独立させることが可能になったようです。
･ゲームオーバー画面が出なくなった
あまり重要ではないかもしれませんが・・・。
･ガードの処理方法が変わった
WIN版になってガードの処理方法が変わったことにより、
一部のDOS版のキャラ（ガード処理をcommonではなく、キャラ側で行っている）
は修正が必要です。
docs内にあるupdatesを日本語に訳してみました(かなり未完成ですが)。
内容を見てみると色々な部分が変更されていたりします。
もし訳の間違いや指摘、協力してくれる方がいれば連絡をお願いします。
（禅さん、翻訳協力ありがとうございます。）