注） 修正する際はバックアップを取っておきましょう。
・ヒット関連の修正
WIN版では、技を当てたり、または当たらなかったりすると、
行動不能になったり不具合が出る、という事が一部のキャラに起こるようです。
原因は、movehit、movecontact、moveguarded、この3つのtriggerにあります。
（原因の詳細に関しては、クリエイターズJAPAN2を参照してください。）
対処法は、CNSを開き、movehit = 1という箇所をmovehitに
変更します（movecontact、moveguardedも同じように変更します。
また、CMDにもあった場合はCMDの方も書き換えましょう）。
move〜 != 1という記述の場合は、move〜 = 0に変えます
（GATTさんご指摘ありがとうございます）。
move〜 = 0の場合は変更する必要はないようです（禅さんご指摘ありがとうございます）。
こうすればWIN番でも認識するようになります。また、DOS版での使用も可能です。
また、http://forum.mgbr.net/index.php?showuser=4884にあるコンバーター
（LINK DIRETO Donwload do CONVERSOR DOSWINmugen by TriallForce/CarnavalencoMan
というところからDLできます）を使えば全て自動で、しかも一括で修正してくれます。
（KYOさん情報ありがとうございます。）
・色化けの修正
WIN版では仕様の変更のため、一部のキャラは色化けしてしまうようです。
これは、MBSさんの開発された「CharSffDtoW」というツールで直すことが出来ます
（MBSさんのホームページは閉鎖されてしまいましたが、Win版MUGEN FAQで代理公開されています）。
このツールで色化けを修正したものは、DOS版での使用も問題ありません。
・強制終了ステージの修正
DOS版では使えたのに、WIN版で使おうとすると強制終了してしまうステージがいくつかあります。
そうなった場合、強制終了したステージのdefファイルを開いて、
spr = stages\kfm.sffという箇所を、spr = stages/kfm.sffに
変更しましょう。これもDOS版での使用に影響はありません。
・ガードの不具合の修正
DOS版のガード処理を使っているキャラをWIN版でそのまま使うと、
不具合が出てしまいます。不具合が出るキャラのガードステートを探し出し、
WIN版の処理を追加、変更すれば直ります。しかし、
DOS版で使うことはできなくなってしまうので、注意が必要です。
ここに、WIN版のガード記述追加部分と変更部分を載せておきましたので、
キャラのガードステートに貼り付けて修正します。
他のエラー（エラーも出ないで強制終了するキャラ、など）
については、不完全ですが、ここにまとめておきました。
ADD-ONや、音に関する事については、Win版MUGEN FAQを参照してください。