| 歴代 | 氏名 | 在任期間 | 前歴 | 備考 |
| 初代 | 福井 盛太 | １９５１年４月〜５４年４月 | 元検事総長 | |
| ２代 | 井上 登 | １９５６年１月〜６２年１月 | 元最高裁判事 | |
| ３代 | 内村 祐之 | １９６２年５月〜６５年４月 | 東大名誉教授 | 新人研修制度でオーナーと対立して辞任 |
| ４代 | 宮沢 俊義 | １９６５年８月〜７１年３月 | 東大名誉教授 | コミッショナー委員会委員長 |
| ５代 | 大浜 信泉 | １９７１年５月〜７６年２月 | 元早大総長 | |
| ６代 | 金子 鋭 | １９７６年７月〜７９年２月 | 富士銀行相談役 | 「江川騒動」で辞任 |
| ７代 | 下田 武三 | １９７９年４月〜８５年３月 | 元最高裁判事、外務次官 | 「圧縮バット禁止」発令などで反発を買い退任 |
| ８代 | 竹内 寿平 | １９８６年５月〜８８年６月 | 元検事総長 | |
| ９代 | 吉国 一郎 | １９８９年３月〜９８年３月 | 元法制局長官 | ＦＡ制度導入 |
| 10代 | 川島 廣守 | １９９８年３月〜０４年１月 | 元内閣官房副長官 | セ・リーグ会長から転身 |
| 11代 | 根来 泰周 | ２００４年２月〜０７年１月 | 元公取委員長、法務次官 | 球界再編問題 |
| (代行) | (根来 泰周) | ２００７年２月〜 | ||
| ※現行制度の前に正力松太郎が一時期コミッショナーを務めている。 | ||||
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| 歴代 | 氏名 | 在任期間 | 在籍球団 |
| 初代 | 中畑 清 | １９８５年11月〜８９年７月 | 巨人 |
| ２代 | 原 辰徳 | １９８９年７月〜９２年７月 | 巨人 |
| ３代 | 岡田 彰布 | １９９２年７月〜９５年12月 | 阪神-ｵﾘｯｸｽ |
| ４代 | 正田 耕三 | １９９５年12月〜９８年12月 | 広島 |
| ５代 | 古田 敦也 | １９９８年12月〜０５年12月 | ヤクルト |
| ６代 | 宮本 慎也 | ２００５年12月〜 | ヤクルト |