主な登場キャラ

シオン・ウヅキ

性別：女、年齢：22歳、身長：163cm、体重：48kg

本作の主人公。
ヴェクター第一開発局、KOS-MOS開発計画の主幹技師。
物語冒頭では、官民合同で進められていた“あるプロジェクト”に関係すると思われる惑星消失事件の調査とKOS-MOSのテストを兼ねて、ヴェクターから派遣され、当該宙域に赴くことになる。
幼少時代、その故郷が戦乱に巻き込まれ、両親を亡くし、また二年前に初恋の男性を事故で失うといった辛い経験をしており、本人もその事で心に相当深い傷を負っている筈だが、それについて始終思い悩んだり、他人に吐露したりするようなことはない。
万事において、物事をポジティブに捉えようとするその言動、立ち居振る舞いは、ともすれば単なる楽観主義者と見られがちだが、それは過去の様々な体験、経験への彼女なりの精一杯の抵抗であり、“過去”という亡霊に束縛されず、今日、そして明日を生きようとする前向きな意志の表れである。
非常に“生命力が強い”女性で、周囲の人間を半ば強引に引っ張っていく、ある種魅力ともいえるものを持っている。
本人は否定しているが、KOS-MOS計画の主幹技師を務めている事から判るように、かなりの才媛であり、その容姿も相まって、ヴェクター社内で彼女に思いを寄せる男性社員は多い。

KOS-MOS

性別：外見は女、年齢：外見は18歳前後、身長：167cm、体重：92kg

『ゼノサーガ』シリーズを通して鍵となる少女。
星間コングロマリット『ヴェクター』によって開発された女性型戦闘用アンドロイド。
レアリエン（合成人間）技術の発達したこの時代において、凡てが機械部品で構成されている希有な存在。
KOS-MOSとはグノーシス用に開発された戦闘システムの総称であり、彼女自身の名前は無い。
凡てに於いて論理、確立、任務の三原則を優先し、開発者であるシオンは無条件に護る。
また、他者とのコミュニケーションを円滑にするため『模擬人格OS』が実装されている。
『秩序』の名を持つ。

M.O.M.O.

性別：女、年齢：外見は12歳くらい、身長：141cm、体重：36kg

“ある特殊な知覚”でしか捉えられないグノーシスを観測する為に開発された、百式汎観測レアリエン（合成人間）のプロトタイプ。
U-TIC機関創設者であった故ヨアキム・ミズラヒ博士の手により作られた。
外見はヨアキムとその妻ユリ・ミズラヒ博士の亡娘、サクラ・ミズラヒがモデルとなっている。
善行を積んで、父ヨアキムのいる天国へ行く事を夢見ている少女。
※百式レアリエン
D.S.S.S（Double Slit Sensory System）を持っているレアリエン。
D.S.S.Sとその組となるヒルベルトエフェクトを統合したシステム「百式システム」は、実現されて間もない最新技術で、数十トンのシステム容積を必要とする。
理論的に人型サイズまで小型化することは不可能とされ、軍で正式採用となった百式システムは、その本体（10m四方の大型コンピューターの様な機械）とパーソナルデバイスとしての量産型百式レアリエンというシステム構成になっている。
※D.S.S.S（Double Slit Sensory System）
ディートリプルエスとも呼ぶ。
グノーシスを知覚する為の、虚数領域知覚装置のこと。

ジギー

性別：男、年齢：献体後95年経過、身長：191cm、体重：162Kg

『モモ』の保護護衛の任を受けた戦闘用サイボーグ。
T.C.4665年、30歳で殉職後、強化素体用に献体され、戦闘用サイボーグとして復活し、接触小委員会に配備された。
生前の最終階級は連邦警察第1875特殊作戦司令部分遣隊隊長。
※接触小委員会
グノーシス現象に対処すT.C.4752年連邦政府によって設立された研究委員会。
小委員会といっても、その構成人員は、各関係省庁、財界関係者、各専門分野の研究者達と多岐にわたり、全体数で約2000人。
その中枢機能である専門委員は７名で構成されており、それぞれに連邦の要職を担う人材があてられている。
モモの保護者であるユリ・ミズラヒもその一人である。

ケイオス

性別：男、年齢：外見は16歳くらい、身長：169cm、体重：53kg

ゼノサーガシリーズを通して鍵となる少年。
常に憂いを湛えた表情をし、どこか達観した感のある汪洋とした喋り口調の線の細い少年。
見た目は16歳位にみえるのだが、実際の年齢は不明。
透き通った緑琥珀色の瞳と銀髪が特徴。
自分の名前以外は、一切の過去について語ろうとしないのでその出自経歴や、いわゆる記憶の有無といったものも含め、凡てが謎に包まれている。
『混沌』の名を持つ。

Jr.

性別：男、年齢：外見は12歳くらい、身長：140cm、体重：38kg

星団連邦ミルチア自治州にある特殊財団、クーカイ・ファウンデーションの代表理事の一人。
外見は12歳くらいに見えるが、実年齢は定かではない。
見た目の幼さとは裏腹に、かなりの博識で、時折、年相応のビシリと事の本質を突いた発言をする。
古書、古式銃（この時代にとっての）を収集する趣味を持っている。

ジン・ウヅキ

性別：男、年齢：35歳、身長：183cm、体重：75kg

シオン・ウヅキの兄。
いついかなる時も冷静沈着、心の揺らぎを面に現すことを恥ずべきことと思っているきらいがある。
元星団連邦軍人でヘルマーの部下だった。
退役後の現在は第二ミルチアで古書店を営み、シオンと再会することになる。
マーグリスやペレグリーとは過去に因縁があるらしい。

アレン・リッジリー

性別：男、年齢：24歳、身長：176cm、体重：66Kg

ヴェクター第一開発局、KOS-MOS開発計画ソフトウェア開発室副主任。
シオンより二歳年上だが、ヴェクターでは一年後輩。
シオンに好意を抱き、本人は隠しているつもりだが周囲にはバレバレ。
趣味は釣り。
ヴォークリンデ脱出後も文句は言いつつ、シオンを心配し、影ながら支える。