ストーリー

　新西暦と呼ばれる時代……

人類が宇宙へ進出し、すでに２世紀近くが過ぎていた。
新西暦１８７年、地球圏を未曾有の混乱に巻き込んだ「バルマー戦役（スーパーロボット大戦α）」において、地球外知的生命体が存在し、太陽系外で大規模な戦争を行っているという事実が明らかになった。
だが、それ以上に人類を震撼させたのは、知的生命体の絶対的な敵であるＳＴＭＣ（宇宙怪獣）の存在であった。
バルマー戦役ではかろうじて彼らの侵攻を食い止めたものの、再度地球圏が襲撃される可能性は非常に高いと予測された。
人類に逃げ場なし……そして、地球人類の生き残りをかけ、いくつかの計画が遂行されることになる。
外敵から地球圏を守るための「イージス計画」、新たな母星を発見するための「超長距離移民船団計画」……そして、「カルネアデス計画」。

　新西暦１８８年に勃発した異星人勢力や木星勢力、地下勢力などとの戦い……「封印戦争（第２次スーパーロボット大戦α）」の最中もそれらの計画は着々と進められていた。

　新西暦１８９年、人類を地球に封印しようとした「人造神ガンエデン」の破壊を以て封印戦争は終結……しかし、そのわずか数週間後に次なる混乱の兆しが見え始めた。
地球圏で暗躍する謎の軍事組織や異星人、アステロイドベルト宙域に出現した謎の巨大構造物、音信を断った超長距離移民船団……。
今まさに地球人類を最後の戦いへ……そして、終焉の銀河へ導く戦鐘（ゴング）が鳴り響こうとしていた。