■章の数の違い
ＦＣ版とＳＦＣ版の第一部の章の数が違います。
ＦＣ版は全２５章、ＳＦＣ版は第１部全２０章とリメイクした際に５章分カットされています。
リメイク時にカットされた章は
４章そうげんのたたかい・９章ぺラティのかりゅう・１３章グルニアのもくばたい
１８章グルニアくろきしだん・２１章けっせんマケドニア
なお１８章は第２部の８章ソウルフルブリッジのマップと多少変わったものです
■仲間の違い
全２５章のＦＣ版ですが、ＳＦＣにリメイクする際存在が消されてしまった不幸なキャラも存在します。
リフ（そうりょ）→きずぐすり
ダロス（かいぞく）→どこかの海賊
ロジャー（Ａアーマー）→どこかのＡアーマー
ジェイク（シューター）→どこかのシューター（注）
ベック（シューター）→存在自体抹消
ガトー（しさい）→仲間にはならないがストーリー上登場
■盗賊からアイテムを奪い返せない
ＳＦＣ版では宝物をとられた後倒せば取り返せるというシステムでした。
お金も倒せばもらえ「まあ取られても倒せばいっか」という安易な考えができましたが
ＦＣ版ではそんな便利なシステムはありません。
取られたらそれで終わりなのです。
取りたければがんばってお宝死守しろということですね。
■マムクートの性能の違い
ＦＣ版とＳＦＣ版ではマムクートの性能が大きく異なります。
ＳＦＣ版では竜石を使って竜に変身してから攻撃というパターンですが、
ＦＣ版は竜にならずにそのまま攻撃という形になっています。
これはＧＢＡ版のマムクートの性能と同じものになってます。
つまりＳＦＣ版でドラゴンに変身して山を越えて敵に攻撃ということができなくなったということですね。
攻撃範囲もＦＣ版は１ですがＳＦＣ版は間接攻撃も可能です。
■屋内マップでの違い
ＳＦＣ版ではナイト系など馬やドラゴンなどに乗っているキャラは降りて戦います。
降りた後は剣しかつかえないわけですが。
ＦＣ版ではＧＢＡ版と同じように屋内でも馬に乗って戦います。
ＦＣ版ではグラディウスが終章まで普通にナイト系でも使えましたが、
ＳＦＣ版では降りると槍が使えずアーマー系専用の武器になってしまい
ドーガなどのアーマー系を育てていない場合ほとんど役に立ちません。